Im Jahr 1980 wurde die GBS als gemeinsame Gesellschaft des Landes Schleswig-Holstein und der Freien und Hansestadt Hamburg gegründet. Schleswig-Holstein hält nach wie vor 50 Prozent des Stammkapitals, während Hamburg 1997 den Anteil von ebenfalls 50 Prozent auf die Beteiligungsholding Hamburger Gesellschaft für Beteiligungsmanagement mbH übertragen hat.

Grund für den Bau der Sonderabfalldeponie war, dass die Bundesländer Hamburg und Schleswig-Holstein die Entsorgung der Rückstände aus ihren Verbrennungsanlagen sicherstellen mussten. Außerdem wollten sie der in den siebziger Jahren herrschenden Deponieknappheit entgegenwirken und sich zudem nicht in die Abhängigkeit von der damaligen DDR-Deponie Schönberg begeben. Von Anfang an war aber auch die Anlieferung anderer Sonderabfälle aus Industrie und Gewerbe zulässig, solange die Zuordnungskriterien der Deponie Rondeshagen eingehalten wurden.